Den Bootloader bekommt man über die ISP Schnittstelle mit einem ISP - Programmer in den Controller, in deinem fall der mySmartUSB light. Ob die Stromversorgung über den Programmer möglich ist weiß ich leider nicht. Im Zweifelsfall aber einfach mal mit einer externen Spannungsquelle ausprobieren.
Der Bootloader ist allerdings nicht zwingend notwendig wenn du sowie so schon einen Programmer hast.