Gibt es noch etwas bei der externen Clock-Source zu beachten?
Dein Programm verursacht an dem Pin einen Kurzschluss. Das dürfte hinderlich sein.

Außerdem hast du die beiden oben erwähnten Möglichkeiten vermengt. Du hast eine fortlaufende Messung, setzt den Counter aber auf Null. Das ergibt ungenaue Ergebnisse, zumal du das Zurücksetzen auch noch an der ungünstigsten Stelle überhaupt platziert hast.