CTC zu nehmen war meine Idee, weil ich ja später anhand vom Zählerstand die Frequenz ausgeben möchte.
Und wo ist da der Zusammenhang zwischen "später anhand vom Zählerstand die Frequenz ausgeben" und CTC-Mode?


Wird nach dem kopieren TCNT1=0 gesetzt?
Nein.


Wenn dies der Fall ist, brauche ich natürlich keinen CTC.
Auch so kannst du mit dem CTC-Mode nichts anfangen. Jetzt verstehe ich aber, was dein Gedanke hinter der Mode-Wahl war. Kurz gesagt: das klappt nicht.
Wenn es eine einmalige Messung ist, setzt du den Timer einfach "von Hand" auf Null. Und wenn es eine fortlaufende Messung sein soll, setzt du den Timer gar nicht auf Null, sondern ziehst die jeweiligen ge-capture-ten Timer-Werte voneinander ab.


Ich verstehe immernoch Deine Idee nicht eine externe Clok-Source zu wählen.
Das ist nicht meine Idee, sondern die Vorgabe der Aufgabe:
An T1=PB1 wird ein Rechtecksignal mit variabler Frequenz angelegt.
Diese kann man mit Timer1 zählen.