Code:
TCCR1B=(1<<WGM13)|(1<<WGM12)|(1<<CS12)|(1<<CS10)|(1<<ICNC1)|(1<<ICES1);
Wie soll denn bitte das Input-Capturing funktionieren, wenn du einen Timer-Mode auswählst, bei dem ICR1 anderweitig verwendet wird? Wieso überhaupt einen CTC-Mode?

Und wieso wählst du als Clock-Source clkIO/1024? Das passt doch überhaupt nicht hierzu:
An T1=PB1 wird ein Rechtecksignal mit variabler Frequenz angelegt.
Diese kann man mit Timer1 zählen.

Und so nebenbei:
Ich glaube er kommt nichtmal in die If-Schleife (innerhalb der While) rein
http://www.if-schleife.de/