Das beim µC nur der Timer nicht mehr geht ist recht unwahrscheinlich.

Kann es sein, das der Compiler aktualisiert wurde ? Gerade bei Interrupts hat sich bei GCC was verändert von Version 3.xx nach 4.xx.

Die Zuweisung SYSTEMCLOCK 3686400 kommt mir so auch nicht bekannt vor. Der Systemtakt wird aber auch noch einmal in der Optionen (bei WinaAVR) eingestellt. Wenn man delay_ms verwendet, muss mit Optimierung gearbeitet werden. Sonst werden die Zeiten viel zu lang.

Die variable counter sollte man der Sicherheit halber noch als volatile markieren, auch wenn ich nicht glaube das es hier die Ursache für das Problem ist.

Bleibt noch die Frage, was denn nicht funktioniert ?