Ich habe jetzt mal genau Deinen Weg genommen, also neues Projekt (AVR-GCC Executable) erstellt, Dateiendung in cpp geändert (Inhalt der Datei nicht verändert) und kompiliert. Es wird definitiv der c++ Compiler aufgerufen.
Hast Du die aktuellste Version vom Studio drauf (5.0.1163)? Vielleicht ist's noch ein Bug in der Beta-Version, wenn Du die noch benutzt.

Machbar ist das. Kleiner Tipp: mit ein bißchen Flußmittelgel bekommt man Brücken zwischen den Pins sehr leicht wieder weg.
ISP wird vom XMega allerdings nicht mehr unterstützt. Geht nur noch mit JTAG oder der neuen PDI-Schnittstelle. Mit Selbstbau-Programmern ist da leider nichts mehr zu machen.