Am komfortabelsten kannst du Fuses, mit den mit dem AVR Studio mitgelieferten Programmern, setzen. Dazu brauchst du weder Makefiles noch Kenntnisse, wie die einzelnen Fuses heißen.

Hier ist trotzdem eine Seite, wo du dir zeigen lassen kannst, was die einzelnen Bits machen:
http://www.engbedded.com/fusecalc/
Für einen externen Quarz lautet die richtige Einstellung: Ext. Crystal/Resonator High Freq. Die Start-up Time gibt an, wie lange der Chip nach Einschalten der Stromversorgung "warten" soll, bis er das Programm startet (Werte in Zyklen + ms). Ein Wert von ca. 64ms kann z.B. sinnvoll sein, wenn man warten möchte, bis sich die Spannung stabilisiert hat.