Du musst dann nur schauen das auch alle wichtigen Daten auf D: liegen. Eigene Dateien, Projekt Dateine vom Layout Programm etc.
Das ist anfang etwas mühselig die Software entsprechend zu konfigurieren, lohnt sich aber.
Wenn auf C: nur das System und die Programme sind, ist ein Restore vom Backup recht einfach ohne Daten zu verlieren. Clonezilla z.B. kann jede Partition einzeln in ein Image schreiben. Im Problemfall wird dann nur C: zurückgesichert, Updates laufen lassen, fertig. Die Daten sind ja auf D:

Zum Umstellen der Bewegungsdaten gibts ganz gute Anleitungen, je nach System.
Schau mal beim Heise Verlag, da waren schon öfters gute Beschreibungen in C`T bzw. iX.