Der 168er bietet einiges mehr an Timern und Timerregister. TIMSK gibt es als TIMSK0, 1 oder 2, ähnliches gilt für TCCR0, es gibt TCCR0A und TCCR0B.

Der 8-Bit Timer0 des Mega8 ist beim Mega168 doppelt vorhanden, beim Übertragen der Programme muß man sich für A oder B entscheiden und die entsprechenden Register verwenden.