Bei 1000 LEDs würde ich schon über eine Matrix und auch über Effektive LEDs oder ggf. 2 mA LEDs nachdenken. Die 2 mA LEDs sind im Prinzip auch nur etwas effektivere LEDs die nicht unbedingt die sonst üblichen 20 mA aushalten. Es gibt ähnliche LEDs auch in einer Ausführung die bis etwa 20 oder 30 mA spezifiziert sind, da ist man dann auf der sicheren Seite.

Wie viel Strom man für die LEDs braucht hängt auch sehr stark davon ab wie hell es in der Umgebung ist. Das können 20 mA im Freien sein, aber auch 0,1 mA in einem relativ dunklen Raum. Der Unterschied zwischen billigen Funzeln und super hellen LEDs kann auch ähnlich groß sein.

Je nach Strom kann man die Ausgänge der HC595 auch noch für eine Matrix nutzen - da gehen dann aber alle LEDs in die gleiche Richtung und man hat knapp 10 mA als Limit. Wenn man mit 2 mA mittleren Strom Auskommt, reicht das immerhin noch für ein 4 bis 5 faches Multiplexing als LED Matrix. Das Multiplexing geht dann aber nicht über den OE Eingang wie oben links, sondern so wie in der Schaltung oben rechts als Matrix. Dabei werden die gemeinsamen Leitungen aber wohl extra Treiber für mehr Strom brauchen, denn da gehen dann mehr LEDs (z.B. 1/4 der LEDs) ran. Das Multiplexer IC braucht man dagegen bei 4 oder 5 Leitungen nicht unbedingt.

Die Pins SS, MOSI, MISO, SCK sind die für das Hardware SPI Interface. Wobei MOSI, MISO, SCK auch für SPI benötigt wird, und SS ein fast beliebiger IO Pin ist. Wenn man Hardware SPI nicht nutzen will, nimmt man da 3 IO Pins. Das können auch die Pins für Hardware SPI sein. Die kann man auch für die Softwarelösung nutzen. Man legt sich also da noch nicht fest.
Falls der µC noch den TX Pin der USART frei hat, kann man auch die USART als hardware SPI nutzen - das geht ähnlich wie das extra SPI Interface.
Wenn man viele LEDs als Matrix hat, ist es schon hilfreich wenn man da Hardware Unterstüzung hat, man muss die ja nicht gleich nutzen.

Die Belegung des HC595 ist oben schon gezeigt - nur die Versorgung ist weggelassen.