Es gibt keine andere Lösung. Das Problem ist, dass dein Pfad nicht stimmt oder AVR Studio keine Berechtigungen hat, den angegebenen Pfad zu öffnen (was unwahrscheinlich ist).
Dir ist hoffentlich klar, dass der resultierente Pfad, unter dem nach den Headern gesucht wird, der in den Directories angegebene Pfad + der Pfad der #include-Direktive ist. Also in deinem Fall ...\include\nibobee\nibobee\iodefs.h
Ist es korrekt, dass die Datei in 2 gleichnamigen verschachtelten Verzeichnissen liegt oder sollte der Pfad ...\include\nibobee\iodefs.h lauten?!