Das Programm AVR-DUDE läuft auch unter Linux.
http://www.mikrocontroller.net/articles/AVRDUDE
http://savannah.nongnu.org/projects/avrdude

Es gibt auch noch eine GUI in Java dazu (Mit der Kommandozeilen basierten Version hab ich mir schon ein paar AVRs ausversehen zerschossen)
http://www.mikrocontroller.net/articles/Burn-o-mat

EDIT: AVRDUDE ist nur eine Software zum Flashen, Du brauchst zusätzlich noch den AVR-GCC (Compiler)
Das gibts aber alles über das Ubutu Software-Center