Habe jetzt das Programm nicht eingehend studiert, aber auf Seite 1 hab ich nur Anmerkung zu einem interrupt für die PWM gefunden.
Der reicht aber nicht, Du brauchst zwei Ints, einmal den Compare Match und den Overun. Compare Match -> ports an, Overrun -> Ports aus.

mit nur einem Interrupt gibts immer Tastverhältnis 50:50