bin zwar nich Steffen...
1. Muss dafür der uC so hoch getaktet sein, oder reicht es, wenn ein Oszilator das regelt??
Das geht auch mit 'nem externen Oszillator.
2. Ist C-control zu lahm dafür, oder meinst du, das könnte gehen?
Die Frequenz selber erzeugen geht damit wohl nicht. Mit 'nem externen Oszillator könnte es gehen. Am besten dann in Assembler. AVRs sind für den Zweck aber wohl besser geeignet(kleiner, billiger und die können problemlos die 36kHz oder was du nehmen willst erzeugen und dabei noch das Signal codieren. Und das kann man da wohl sogar in Basic umsetzen.).
3. Wie sähe so ein Programm, oder das Signal aus, wie wird am Empfänger das Modulieren o.ä. eingeleitet???, oder reicht es nicht allein über die Länge (zeitliche) des gesendeten Signal rückschlüsse auch das Siganl zu machen.
Das Modulieren braucht eigentlich nicht eingeleitet zu werden. Ein externer Oszillator kann so aufgebaut sein, dass er immer läuft(aus Sparsamkeitsgründen kann man ihm aber auch den Saft abdrehen. Dann schwingt er, wenn der Strom wieder da ist, gleich wieder an.). Ein interner kann ein Timer-Interrupt sein, den man ggf. abstellen kann.
Das eigentliche Signal besteht dann aus einem periodischen Ein-und Ausschalten des modulierten Dauersignals(bei nur zwei zu unterscheidenden Signalen etwa
1ms-An, 5ms-Pause, 1ms-An
oder
2ms-An, 2ms-Pause, 2ms-An.
Das sollte sich dann gut unterscheiden lassen. Die jeweilige Folge wird einfach solange wiederholt, wie der Knopf gedrückt ist.).

Du könntest auch zwei Modulationsfrequenzen nehmen und dann zwei TSOP(erkennen modulierte Infrarotsignale, <1EUR teuer) zum Empfangen nehmen, die direkt den Motortreiber ansprechen. Das würde den Empfängercontroller sparen.

Die reine Länge eines Dauersignals ist etwas störanfällig(auch Glühbirnen machen z.B. Infrarot.).