Theoretish, wenn du ein Pechvogel bist, könnte es zufällig sein, dass es wirklich ein unforgesehener Schwingkres (mechanischer bzw. elektrischer) enstanden ist und der Motor reagiert nicht normal auf die PWM. Die Idee von PWM mit verschiedenen Frequenzen finde ich für weitere Fehlersuche sehr gut, da nicht alles sich sogar aus einem Datenblatt "auslesen" lässt.

Es könnte auch sein, dass es mit der Schaltfrequenz vom Netzteil zusammen hängt, deshalb falls möglich, würde ich auch probeweise die fehlfunktionierende Schaltung an eine z.B. Autobatterie anschliessen.

Dein Problem wird mit der Zeit immer spannender, aber ich optimistisch bleibe, dass du es findest.