Richtig viele I/O's hat der ATMEGA 640 bzw. 1280, 2560.
Das Teil ist aber in SMD und hat 100Pins.
Die grössten Controller in Dil Bauweise sind die schon genannen Mega 16, 32 und deren Ableger.
Interne Taktquellen haben meines wissens diese Controller alle!
Ob du wegen der Präzision nicht aber trotzdem einen Quarz brauchst hängt von deiner Anwendung ab. Wenn Du den USART benutzen willst, oder Zeitmessungen durchführst, würde ich Dir trotzdem die Verwendung einen Quarzes, oder zumindest eines Keramikresonators, empfehlen.
100nF Keramikkondensatoren gehören zwischen die Betriebsspannungsanschlüsse VCC, GND und AVCC, AGND. Wenn Du da SMD 0805 nimmst kannst Du die direkt auf die Pads für den IC Sockel löten.

SMD löten ist übrigens nicht so schwierig wie man meint.
Man brauch eben nur ein wenig mehr Zeit und etwas Ruhe bei der Arbeit.
Für den Anfang würd ich aber nicht gerade ein QFP 100 Bauteil nehmen.