Wie schon gesagt, besser ist der CTC Modus. Mit Preload in der ISR kriegt man nur gleichmäßige Zeiten, wenn man einen hohen Prescaler hat. Mit 2 ISRs muss der Prescaler für eine ISR und den Anfang der anderen reichen. Da wird dann auch ein Prescaler von 64 schon knapp, bei 256 als Prescaler sollte es aber reichen.