Hallo,
da gibt es viele Möglichkeiten die EMV zu verbessern.
Du solltest erst einmal eine niedrigere PWM-Frequenz wählen (Prescaler vom Timer ändern).

Kondensatoren allein scheinen zur Entstärung nicht viel zu nützen - das sage ich aus Erfahrung, hatte auch Probleme mit EMV im Roboter - besser sind sog. Boucherot-Glieder, auch als Snubber bezeichnet (R,C Reihenschaltung zwischen die Motoranschlüsse).
Vermute, dass es daran liegt, dass die Kondensatoren allein nur Blindstrom verursachen und die "PWM-Störungen" nicht verheizt werden wie bei einem Snubber-Netzwerk.
Im RN-Wissen werden noch Induktivitäten in der Zuleitung zu den Motoren empfohlen.

Die Verkabelung in deinem Roboter könnte man noch etwas verbessern. Versuche, die Kabel von Motoren und Akku möglichst weit weg von der restlichen Elektronik zu verlegen. Verdrille am besten noch diese Leitungen (immer Hin- und Rückleiter miteinander). Durch diese Leitungen fließt am meisten Strom, die Stromaufnahme ändert sich wegen dem PWM dort ständig und deswegen müssten diese Leitungen am meisten abstrahlen.
Siehe auch http://www.rn-wissen.de/index.php/Ge...ise_zum_Aufbau (den Absatz im RN-Wissen habe ich geschrieben)

Denke auch an sternförmige Verdrahtung der Masse. Das kann erhebliche Störungen verursachen, deren Ursache man meist auf Induktion schiebt und trotz Maßnahmen gegen vermeintliche Induktion nicht in der Griff bekommt.

Außerdem sehe ich noch einen SHARP-IR-Abstandssensor in deinem Roboter. Der kann auch ganz fies stören. Siehe auch http://www.rn-wissen.de/index.php/Se...frarotsensoren (zweiter blauer Kasten mit Schaltplan)

Na dann mal gutes Gelingen beim Entstören

Grüße, Bernhard