Verstehst du nicht das Problem? Ja du misst den ersten Impuls, aber auch alle nachfolgenden, da die ja am gleichen Eingang ankommen! Woher soll dein Programm wissen ob das der erste oder zweite Impuls ist?

Läuft denn überhaupt schon irgendwas auf dem uC? Blinkende LED oder so?
Mit was programmierst du überhaupt? Kannst du debuggen?