Eine parallele schnittstelle hat man bei einem Netbook ja nicht. Die USB-Parallel-Adapter sind da auch nicht das Wahre (die taugen eigentlich nur für Drucker). Also muss man über USB gehen. Am einfachsten ist ein USB-Seriell Chip (oder fertiger Adapter) mit einem AVR-Microcontroller. Bei der Anzahl an Ports braucht man aber eher 2 Controller. Die kann man dann einfach über zwei USB-Seriell-Wandler an verschiedene USB-Ports des Computers hängen.

Wass willst du mit den 5 PWM-Eingängen machen? So etwas ist (je nach Frequenz) etwas schwierig, weil man beim Einlesen der Werte die Taktzyklen zählen muss und damit Probleme mit Interrupts (z.B. neue Befehle an der seriellen Schnittstelle) hat. Welche Frequenz haben die PWM-Signale? Reicht es vielleicht aus, einfach das Signal mit einem RC-Glied zu glätten und das resultierende Analogsignal am Kondensator mit dem ADC zu messen?