Bei der Eingangschaltung könnte man ein bisschen vereinfachen (1 Diode Weniger), wenn man zulässt dass der Komperator eine leicht negative Spannung bis etwa 0,7 V sehen kann.
Bei der jetzigen Schaltung sehe ich da ein kleines Problem mit der Funktion: Wie fließt der Bias Strom des Komperators duch die Diode am Eingang ?
Ich hätte nicht erwartet das die Schaltung so geht.

Es könnte einfacher gehen, wenn man den Komperator im µC nutzt. Da hat man aber beim AVR keine Möglichkeit eine Hysterese einzubauen und man müsste ggf. einige der Störungen per Software rausfiltern.