Du hast bereits WinAVR installiert ? Dann kann du indem du im AVR Studio F7 drückt das Programm erstellen. In dem Projektverzeichnis wird dann eine .hex datei erstellt.
In der 2. Symbolleiste siehst du ein kleines IC symbol mit der Aufschrift AVR. Wenn du dort drauf klickst, kommst du in ein Menü in dem du die hex datei in den Controller laden kannst.