Code:
DDRA &= ~(1<<PA0) | ~(1<<PA1); //PA0 und PA1 als Eingang
Das ist äquivalent zu "DDRA &= 0xff;", verändert also den Zustand des Ports gar nicht.
Die Zeile scheint mir aber eh völlig überflüssig zu sein, denn PA0 ist zu diesem Zeitpunkt bereits ein Eingang, und PA1 wird es kurz darauf am Anfang der Schleife. Also stört es wohl auch nicht, dass diese Zeile rein gar nichts macht.

Dein Problem dürfte sein, dass nach dem Umschalten von PA0 auf Eingang dessen PullUp eingeschaltet ist, und somit in der Wartezeit bis zum Auswerten des Eingangs fleißig den Kondensator auflädt.