Der CD 40106 ist zu langsam schon bei 10 V Versorgungsspannung reicht das kaum für 16 MHz. Bei 5 V oder gar. 3.3 V schon gar nicht.

An sich sollte das Ausgangssignal des Oszillators gut genug sein. Auch 0,6 V und 2,7 V als Signalpegel sollten die ICs bei 3.3 V Versorgung akzeptieren. Ein Problem könnte eventuell sein, wenn da kein Abblockkondensator am Oszillator ist Das könnte auch das geschliffene Signal erklären.