Für C ist die günstigste Lösung das AVR-Studio, das unterstützt auch dein Board.
Mit den Service-Packs von hier herunter laden.
http://www.mikrocontroller.net/articles/AVR-Studio
Für das Auslesen eines RC-Empfänger gibt es sicher etliche Beispiele.
Hier im Forum oder im mikrcontroller.net mal die Suche benutzen.