Code:
ISR(TIMER0_OVF_vect){
Zahl++;
}

main ()
{
while (1)
{
if(Zahl>=100){
 Mach was
}
}
}
Jedes mal wenn der Timer0 überläuft, wird die ISR aufgerufen, Zahl wird um eins erhöht.
In der main wird die Zahl bei jedem Durchlauf abgefragt, wenn sie >= 100 ist, dann wird das gemacht was du da hinschreibst.
Es fehlen hier natürlich alle #include, definitionen usw.