Knapp daneben ist auch vorbei:
AVR Studio ist eine Entwicklungsumgebung für Assembler, enthält Debugger, Simulator und Tools für diverse Atmel-Hardware.
Außerdem bringt AVR Studio ein Plugin zur Integration des AVR-GCC-Compilers mit, der unter anderem in WinAVR enthalten ist. WinAVR bringt umgekehrt auch alle wesentlichen Komponenten mit um alleine genutzt zu werden, ich persönlich nutze aber AVR Studio zum Flashen, Simulieren und Debuggen.

WinAVR ist übrigens Geschichte, die neuen Ausgaben der AVR Toolchain gibts bei Atmel.

mfG
Markus