Die Flanke in dem zweiten Bild hat eine Amplitude von ca. 2V. Das kann reichen, um den Logikpegel zu verändern. Versuch es doch mal mit einem Kondensator ( 100-200 pF ) zwichen SDA/SCL und GND an beiden Seiten der I2C-Leitung. Vielleicht reicht das, um die Störungen zu unterdrücken.

Noch ein Vorschlag zur Fehlersuche; PWM Einschalten, dann I2C-Stecker ziehen und mit dem Oszi schauen, ob auf den I2C-Leitungen am Motortreiber Störungen vorhanden sind.