Na ja, deine Diode ist zwar wirklich schnell, läßt aber einen riesigen reverse recovery Strom durch: ein 2A-Peak am Motor vorbei jedes mal, wenn der im Freilauf abklingende, aber noch immer fließende Motorstom mit der nächsten ON-Phase der Brücke wieder auf die vorherige Höhe gepusht wird. Dazu noch der Motorstrom selbst.
Vergleiche das mal mit einer Schottky SB350 -nur ein willkürliches Beispiel-, da sind es gerade mal temp.abhängige 0,5..20mA. Also, den Versuch mir Schottky-Dioden würd ich mir schon noch geben.

Wenn der Fehler von deinen externen Dioden herrührt, dann braucht's keinen Motor dazu. Allerdings müsste man dann konsequenterweise auch die parasitären Dioden der MOSFETs auslöten

Mann, da hast du dir ja wirklich ein sch.... ähm: hochinteressantes Problem an Land gezogen! Bleib dran, das wird schon noch!