Das IRFIZ48V-Datenblatt hab ich mir zu Gemüte geführt; schaut im Hinblick auf die Reverse Diode sehr gut aus. Diesen Punkt würde ich doch wieder ganz hinten anstellen.

Hast du die Motortreiber auch mal gründlich sichtgeprüft? Lötzinnreste, Brücken, kalte Lötstellen, eben die klassischen Fehlerquellen.

Der nächste große Schritt wäre m.E., die Verdrahtungen wieder zu lösen und von deiner Steuerung ausgehend Stück um Stück wieder neu zu verbinden, z.B. auch den I2C-Bus mal ohne +5V-Leitung zu betreiben, dabei die MD03-Logik getrennt von deiner Steuerung zu versorgen undsoweiter.
Dabei die Bussignale auf beiden Seiten prüfen (Oszi + Software). Irgendwann kommt man dann der Störungsursache auf die Spur.