Verdrahtung wurstelig --> geht
Verdrahtung geordnet --> geht nicht

Da bist Du nicht der Erste, dessen (?kopplungsarmer?) Drahtverhau besser funktioniert als die aufgeräumte Variante.

Kommt der Fehler mit PWM auch, wenn die Versorgung der Brücke weg ist?

Weitere Maßnahmen, ergänzend zu Jakob L. :
- Induktions- und widerstandsarme Zuleitungen auf der Leistungsseite.
Kurz und dick schadet hier nie.
- Räumliche Trennung von signal- und energieführenden Leitungen.
Erschwert der bösen Induktion ihr übles Treiben.
- Batterieabgriff für die Logikversorgung unmittelbar am MD03.
So hat Dein µC bestmögliche Tuchfühlung zur MD03-Masse.
- Besser noch: getrennte Versorgung. Die wird ja wärmsten empfohlen.