Die C Dateien musst du compilieren, das macht im AVR-Studio im Hintergrund das AVR-GCC. Die entstandene *.hex und eventuell *.eep Datei überträgst du mit deinem Prommer in den µC.
Wenn du einen Prommer hast den das AVR-Studio unterstützt, z.B. STK500 dann geht das direkt von dort heraus.