Den LMC kannst du an 5V hängen. Kannst vom AVR-NET-IO abzapfen. Entstörkondensator 100nF über die Versorgung gehört auch dazu.

Tja wir haben ein Problem. Die Analogeingänge vom Atmega im NET-IO haben als Nullpotenzial alle GND. Dann müsstest du auch alle Masseanschlüsse der Shunts zusammenschalten, was aber ja nicht gehen soll (habe ich das richtig interpretiert? War nicht eindeutig aus deiner Antwort ersichtlich: darf man oder sind die schon zusammengeschaltet?).
Falls Masse zusammenschalten möglich ist, wird die Sache einfach.
Falls nicht: Zwei NET-IOs mit getrennter Stromversorgung würden die Sache lösen, ist aber bestimmt nicht die ideale Lösung?