Hallo,
es war keine gute Idee Pin 1 und Pin 2 direkt an die Versorgung zu hängen , wahrscheinlich hast du damit die integrierte LED beschädigt. Da muss unbedingt ein Vorwiderstand hin!

Für den Fototransistor in der Gabellichtschranke solltest du lieber nicht die integrierten Pull-ups im Atmega verwenden, da der genaue Wert dieses Pullups nicht bekannt ist und du nicht nachträglich etwas daran ändern kannst. Außerdem kann sich die Spannung des Sensors im logisch undefinierten Bereich 0,8...3V aufhalten.

Vorbildlich wäre eine Schaltung mit Komparator oder Schmitt-Trigger, um das Signal des Fototransistors zu digitalisieren.
Im einfachsten Fall so etwas: http://www.mikrocontroller.net/attac...komparator.png
Messe bitte einmal die Spannungen am Fototransistor mit und ohne Unterbrechung des Lichtstrahls.
Grüße,
Bernhard