Da man eine Schleife, die ja im FLash einprogrammiert ist, nicht beeinflussen kann, musst du also innerhalb dieser Schleife eine Abfrage auf ein "cancel"-SIgnal (Bit oder byte, das vom TImer gesetzt wird) einbauen. Ist dieses Signal gesetzt, wird die schleife verlassen.

Es gibt auch noch die möglichkeit, den "watchdog" (guckstu AVR-Datasheet) zu verwenden. Der ist eigentlich für sowas wie hängende Schleifen da.