Mahlzeit!

Sieh auch auch noch eine Verbindung vom square wave out (SQW/OUT) zu einem der externen Int Pins des AVR vor.

Dann brauchst du die Zeit nur zu jeder vollen Sekunde bei einem externen Interrupt auslesen und hast den Rest der Sekunde zur Verfügung was zum Stellen der Uhr zu tun (Tasten/GPS o.ä.).

Die Zeit selber legst am Besten in einem Feld aus bytes (uint8_t) ab.

Schreiben in ein LCD geht dann relativ problemlos durch Addition von 0x30 pro Stelle, da der DS1307 alles schön in Zehnern und dem Rest im Speicher hat und von sich gibt

http://www.asciitable.com/

Viel Spaß!