Die eine Messung wird mit AVCC als Ref gemacht, die andere mit den internen 2,5 V. Das umschalten von AVCC auf die 2,5 V dauert viel länger als die Zeit die dem AD-wandler gegeben wird. Die Messung wird also nicht mit 2,5 V sondern wohl eher mit 4,8 V (etwa weniger als AVCC) als Ref. ausgeführt.

Wenn die Spannungsversorgung stimmt, und da keine größerer Kondensator am PWM Ausgang hängt, stört das PWM Signal den ADC nicht wesentlich.

Beim neuen Code teil stimmt da glaub ich auch noch was nicht - da kann nach den Inc R22 auch noch der Fall mit DEC R22 durchlaufen werden.