So ein Wait befehl mit einer Sekunde kann im Simulator durchaus ne viertelstunde laufen. Hast Du da auch so lange gewartet?

Gerade bei den großen AVR Controllern läuft die Simulation mit AVR Studio extrem langsam ( je nach PC ).

Bei meinen Simulationen kann ich bei Wartezyklen um oder größer 1 sek locker mal auf die Toilette gehen.

Wen auch der Timer zu wenig anzeigt kanns natürlich auch an der Taktfrequenz liegen.
Wenn das Fil gebuilt ed ist kann man unter DEBUG bei AVR Simulator Options die Taktfrequenz einstellen.

Pass bei der Verkabelung der ISP auf, die ist bei den 64, 128 und 256 Controllern nicht auf den gleichen Pins ( MISO, MOSI und SCK ) wie bei den kleineren Controllern.
Des weiteren solltest Du die ATMEGA103 Compatibility Fuse abwählen und das JTAG Fuse abschalten. Beide sind bei einem neuen Controller ein!
Das sind die Probleme, die die meisten Anfänger haben.

Ich schreib meine Programme aber in "C".