Dein Problem liegt also bei den Linear-Führungen. Wenn du schon Welle sagst, dann auf alle Fälle geschliffene Silberstahlwellen.
Dazu gibts Linearkugellager oder Sinterbuchsen. Beides nicht billig.
Alternativ gibts bei Ebay komplett fertige Linearführungen, z.B. von Isel oder THK, auch nicht billig.

Eine Möglichkeit wären 3 gegeneinander verspannte Kugellager auf der Welle laufen zu lassen.
Bei meiner Fräse versuche ichs (weils noch niemand gemacht hat ,-) ) verspannte Kugellager auf Vierkanntprofilen laufen zu lassen. Das Ganze gut ausrichtbar.

Zur Toleranz:

1/100 Toleranz am Fertigen Werkstück setzt schon einiges voraus.
Bedenken musst du das die meisten Kleinbohrmaschinen schon ein Achsspiel haben. Meine billige hat fast 5/10tel ;-( Meine neue vom Lidl hat sogut wie gar keins, nicht spürbar. Trotzdem wird sich der Fräser bei den auftretenden Kräften leicht verbiegen.
Deswegen werde ich bestimmte Bohrungen mit Übermass bohren damit ich den Rahmen später ausrichten kann. Dazu muss man aber auch das entsprechende Messwerkzeug haben. Sonst kannst du auch 1/10tel vergessen. Da es aber hauptsächlich auf Parallelität und Geradheit/Steifigkeit der Führungen ankommt kann man das auch mit einer Lehre machen, also z.B. einem 40cm Stück Flacheisen oder ähnlichem.

Trotzdem darf sich die Maschine nicht verwinden, sonst war alles umsonst.
Auch die Antriebe sind wichtig. Trapezgewindespindeln sind stabiler und haben eine größere Steigung, dazu braucht man aber auch die entsprechenden Muttern und Lager. Die Enden müssen abgedreht werden, auch nichts was ich zuhause machen könnte. Das Spiel der Führungen und der Spindeln muss einstellbar sein wegen dem Verschleiß.
Gewindestangen sind billiger, haben aber eine kleinere Steigung und verschleißen schneller.

Also es gibt soviele wichtige Parameter, poste doch einfach mal welche Anforderungen deine Maschine zu erfüllen hat, also was du wie mit welcher Genauigkeit Fräsen willst. Dann kann man auch ein paar Tips geben.

Gruß, Sonic