Eigentlich ist über die Theorie schon alles gesagt, deshalb hab ich mir deine Eagle dateien mal vorgenommen. Auf der Sensor Platine hast du eine Brücke über dem Poti (top layer), die Kontakte aber unter dem Poti, das wird so also nix. "Summenleitungen" wie die N$10 sollten immer breiter sein, aber ich weiß schließlich nicht, was du da rüber jagen willst. Warum machst du vom LCD_Port zu Portc stufen rein. Zie die leitungen doch einfach schräg. 45 Grad.
Auf der Hauptplatine liegen die Brücken unter dem mega 32 bzw. mitten im Längsregler IC3. Du hast dir schon viel Mühe gegeben, wirst das Design aber überarbeiten müssen. IC3 ist ein 1A Regler, also gib ihm auch die 1000µF mit C3. Eine Diode über den Regler ist auch nicht schlecht (von Out nach In).