Zum Tuschieren schau mal hier:
http://www.fachwissen-technik.de/verfahren/schaben.html
Der Absatz "Weiteres Zubehör" ist da der Richtige.

Die Verzahnung des der Backen wird dünn mit Edding oder Tuschierpaste eingerieben und dann eingesetzt und ein paar mal auf und zu gedreht.
Nach dem die Backe wieder draußen ist kann man das Tragbild sehen.

Wenn allerdings am Flansch der Rundlauf 0,01mm ist und auf Höhe der Backen 0,05mm. Dann gibt es vermutlich einen Planschlag Fehler der mit Zunehmendem abstand zum Flansch den Rundlauf Fehler größer werden lässt.
Entweder mit zwei Uhren gleichzeitig den Rundlauf an zwei Ebenen gleichzeitig messen, (Flanschebene und Backenebene) oder den Planschlag direkt messen.
Dann wirst du aber ziemlich sicher ein Messuhr mit 0,001mm Auflösung benötigen.

Wenn du den Rundlauf gar nicht in den Griff bekommst, dann mit einem 0,5 mm Messingblech eine Zwichenlage um um die Gewindestange legen und besorg dir eine Fühlerlehre aus dem Baumarkt, Conrad, Westfalia, etc.
Beispiel.
http://www.amazon.de/F%C3%BChlerlehr.../dp/B001PN0K0G

Ist dann allerdings etwas Fummelarbeit die einzelnen Blätter entsprechend so beizulegen das der Rundlauffehler minimiert wird.