Hallo Blacky666,

schau dir mal im Schaltplan die Verschaltung der 3 Jumper an. (Der Schaltplan ist u.a. an dieser Stelle nicht ganz richtig, vorhanden sind nur die beiden, jeweils in Reihe geschalteten Akkupaare G1 und G2.)

Sobald einer der, bzw. die Jumper 1-3 auf abgezogen ist/sind oder auf Position "Laden" gesteckt ist/sind, hat der Schater S1 keine Wirkung mehr, weil nicht mehr die Reihenschaltung aus G1 und G2 als VCC zur Verfügung steht.

Entsprechend Bauanleitung NeboBee vom 07.12.2010, Seite 45, Kapitel 3.5, wird das Laden der Akkus wie folgt eingeleitet:
1. NiboBee über S1 einschalten
2. NiboBee über USB-Kabel mit dem PC verbinden
3. nun die Jumper auf Ladeposition umstecken
Der Ladevorgang startet, sobald G1 oder G2 durch die Jumper-Beschaltung an PA1 von IC2 erkannt wird.

Diese Reihenfolge ist einzuhalten, damit IC2 (Attiny44) mit dem Einschalten von S1 ordentlich gestartet wird und das Laden der Akkus bearbeiten kann.
Andere Bedienungsreihenfolgen führen anscheinend auch zu einem Start des Ladevorganges - so meldet es zumindest LED5 mit "an, mit kurzen Unterbrechungen".
Ist die Ladefunktion einmal angestoßen, wird sie offensichtlich erst nach Programmablauf (7h Ladezeit) oder Spannungsfreiheit von IC2 abgebrochen.

Ich bin kein Freund von zeitgesteuerten Akku-Ladegeräten. Ladegeräte, die jede Zelle einzeln laden und dabei überwachen sorgen für eine deutlich längere Lebensdauer der Akkus. Mittlerweile gibt es recht preiswert sehr gute Ladegeräte, die über Delta-U-Messung und Temperaturüberwachung schnell und sicher Laden, bei etwas besseren Geräten besteht sogar die Möglichkeit die noch vorhandene Kapazität des Akkus zu ermitteln.
Da der NiboBee seinen Akkusatz recht schnell vernascht und bis zum nächsten Einsatz 7h Ladezeit eine zu lange Pause ist, habe ich 3 Akkusätze im Einsatz.