Wenn man mit AVRStudio arbeitet, kümmert sich das im Hintergrund automatisch um das makefile.
Wenn man lieber direkt in pn2 arbeitet, gibt es auch einen makefile-Generator (mfile), mit dem man sich ein makefile erzeugen lassen kann. Ansonsten finden sich auch viele Beispiel-makefiles mit einer üblichen Greundkonfiguration, wo man nur noch seinen AVR-Typ etc. eintragen muss.