Hallo Wisda,

schönes Projekt, das hat mich dazu animiert bei meinem Projekt auch Schrittmotoren zu verwenden.

Bei deiner Beschreibung hast du erwähnt, dass du Drehgeber benutzen willst, hast du dir schon Gedanken gemacht wie du diese bei deinem Roboter anbringen willst? Außerdem hast du vor Maussensoren zu benutzen? Denkst du dabei an Sensoren aus einer optischen Maus?

Zu deiner Frage:
Du könntest mit den beiden Timern eine Interrupt Routine schreiben, die dann deine Ports so schaltet wie du das vor hast. Wenn du die Timer bspw. als Hardware-PWM nutzen willst, dann kannst du das nur an den dafür vorgesehenen Ports. (siehe Datenblatt)