Hallo,
den FET würde ich auch im PWM Betrieb betreiben. Allerdings sollte man dann auf eine saubere Ansteuerung achten. Die Gate kapazitäten sind nicht zu unterschätzen und erfordern einen relativ gesunden Treiber (am besten spez. Treiber IC) um die Schnelle Umladung des Gates zu ereichen, sonst wird dir der FET doch recht schnell heiß, auch bei deinem relativ kleinen Strom.
Gruß
KL