Die Abblock-kondensatoren (100 nF) an den 5 V sollten schon dich an dem jeweiligen IC sein. Das sollte also schon für jedes IC einer einer sein. Am ehesten kann man wohl den von 7805 weglassen. 220 µF an den 5 V sind schon relativ reichlich, schaden aber auch nicht (solange am 7805 die Reversdiode dran ist).
Der Elko bei der Motorspannung ist OK, es sollten aber auch da nochmal 100 nF je IC vorgesehen werden. Bei einer schwachen Stromquelle könnten auch größere Elkos (oder ein 2 ter der Größe) nicht schaden.

Wirklich Trennen muß man die Versorgung nicht. Bei der GND Leitung sollte man darauf achen, wo der Strom wirklich langfließt und dann damit rechenen das jede Vrebindung / Leiterbahn einen Widerstand (bzw. Induktivität) hat. Bei den Leitungen wo viel Strom fließt sollte man denn halt keine empfindliche Schaltung anschließen. Im eine passende Wahl dafür ist die Sternförmige Masseführung an einen Punkt.

Bei der Versorgungsspannung ist es hilfreich, wenn die Spannung vor dem Regler noch einmal von der Motorspannung durch eine Spule, Diode oder einen Widerstand getrennt ist. So kann da eine Elko als Puffer nur für den 5 V Regler dienen.