Die Interrupt-Prioritäten sind fest vergeben, da kann man nichts ändern.
Das würde auch nicht helfem, denn auch so könnte das Externe signal genau dann kommen,wenn gerade die ADC-ISR läuft. Die AVRs haben nur Prioritäten für die Auswahl bei mehreen Anstehen Interrupts, nicht für die Unterbrechung eines anderen.

Wenn der Sollwert für den Vergleich über einen Poti, also als analoges Signal gegriert wird, wäre der Analoge Komperator eigentlich die richtige Wahl. Den eine Eingang des Analogen Komperators kann man auch auf einen anderen AD Eingang verlegen.

Wenn man sich bei der Programmierung anstrengt (z.B. mit inline ASM) kann man die ISR für den Interrupt aber sehr schnell machen, und ggf. auch gleich Interupts wieder zulassen. Dann sollten sich die Verzögerungen in Grenzen halten.

Bei nur 400 Interrupts je Sekunde sollte man bei der ICP funktion noch keine Problem mit verzögerungen bekommen. Die ICP Hardware ist ja gerade dafür da die Zeitmessung unabhängig von verzögerungen zu machen.