Um Motoren zu entstören (v.a. wenn mit PWM gesteuert) kann ein sog. Snubber-Netzwerk besser sein als ein Kondensator zwischen den Anschlüssen. Ein Snubber-Netzwerk besteht aus einer Reihenschaltung von einem Widerstand (z.B. 10Ohm) und einem Kondensator (z.B. 1uF). Die Störungen werden dann im Widerstand regelrecht verheizt.

Eine weitere Ursachen für die Störungen könnte auch ein hochohmiger Akku sein - dann würde die Spannungsversorgung unter Last einbrechen, das würde die Resets des Mikrocontrollers erklären.
Kannst ja mal den Akku direkt an einen Motor anschließen (unabhängig vom Board) und die Spannung messen, die soll möglichst nicht zu weit absinken.

Grüße
Bernhard