Irgendwie komme ich mit deinen Angaben nicht klar.
Du schreibst am Anfang du stellst einen USB-Programmer ein und dann bringst du einen Link von einer Schnittstellenkarte mit parallel und seriell.
Im Bascom hast du offensichtlich den AT90S2313 eingestellt, du solltest auch dort den Mega32 einstellen.
Vielleicht kannst du das mal klar stellen.