Das gibt es einen kleinen Trick:

Du nimmst das rectangle Tool, und gehst auf den Layer tRestrict (top restrict). Dort zeichnest du deine Rechtecke ein, wo die Leiterbahnen nicht durchgehen sollen. Sprich dort wo deine Pads sind und dort wo deine ICs sind.

Das ist deswegen gut, weil er dann im Top Layer dann keine Pins verbindet sondern im Bottom ein kleines Stück wegroutet, dann ein Via macht und dann erst in den Top geht.

Zu deinem Glück habe ich mal zum Spaß ein kleines Vieo gemacht:
http://www.youtube.com/watch?v=fUWuP-uGqYE

ab Minute 0:50 siehst du wie ich die roten Rechtecke zeichne

(ist übrigens die Platine die du in meiner Signatur siehst, bisschen anders)